Cơ cấu tổ chức của VAC giúp đảm bảo tất cả các đối tác của Việt Nam và Ô-xtrây-li-a cùng tham gia quản lý và đưa ra định hướng chính sách cho VAC nhằm thể hiện rõ mối quan hệ hợp tác thật sự trong sáng kiến này.

Ban Chỉ đạo của VAC sẽ phê duyệt toàn bộ các chiến lược, chính sách, các thỏa thuận hợp tác, ngân sách và các báo cáo. Ban Chỉ đạo bao gồm các cán bộ cao cấp của Ô-xtrây-li-a là đại diện Bộ Ngoại giao và thương mại Ô-xtrây-li-a cũng như cán bộ cao cấp của phía Việt Nam đại diện cho Học viện Chính trị quốc gia Hồ Chí Minh, Bộ Ngoại Giao, Ban Đối ngoại Trung Ương Đảng và Văn phòng Chính phủ. Giám đốc của Học viện Chính trị quốc gia Hồ Chí Minh và Đại sứ Ô-xtrây-li-a tại Việt Nam là Đồng Trưởng ban Chỉ đạo.

Hội đồng Tư vấn sẽ tư vấn cho Ban Chỉ đạo của VAC về định hướng chiến lược của Trung tâm. Hội đồng sẽ bao gồm các đại diện đến từ các đối tác chính của Việt Nam và Ô-xtrây-li-a, bao gồm các cơ quan nghiên cứu học thuật, doanh nghiệp tư nhân, các cơ quan chính phủ cũng như các tổ chức phi chính phủ quốc tế.

Ban Điều hành của VAC giám sát các hoạt động hàng ngày của Trung tâm được triển khai thông qua chương trình Úc cùng Việt Nam Phát triển Nguồn nhân lực (Aus4Skills). Ban Điều hành sẽ xem xét và phê duyệt ngân sách, kế hoạch hoạt động và báo cáo tiến độ.